SpeciesLink and the Field Museum

SpeciesLink is a distributed information system that integrates primary data from biological collections. The Field Museum is pleased to be a part of it's network.

Project end of year update:

The speciesLink network closes the year with a total of 5,725,729 records online, of which 2,119,954 are georeferenced by the data providers (37%) and 2,039,684 are georeferenced through an application (36%). In 2012 the network grew 17%, an increase of about 836 thousand new records. The repatriation of data grew 21% and reflects the support of the program Reflora to the project INCT Virtual Herbarium of Flora and Fungi. Besides updates from existing partners, a new collection was integrated to the network. The Field Museum of Natural History is repatriating data of samples collected in Brazil by naturalists of the 19th century. The number of collections and subcollections participating in the network grew from 235 in 2011 to 293 in 2012.

Another important component of the network are the images of herbarium specimens that began to be shared in 2011 through INCT Virtual Herbarium of Fungi and Flora, also thanks to funding from the Reflora program. We closed the year 2011 with 9 Brazilian herbaria and 2 abroad sharing more than 72 000 images. These numbers in December 2012 are: 17 Brazilian herbaria and 2 abroad sharing about 205 thousand images.

Regarding Brazil’s List of the Brazilian Flora, a system developed and maintained by CRIA since its development in 2009 under the coordination of JBRJ, we closed the year with a total of 49,223 accepted names and 50,603 synonymous in the administrative interface (closed by JBRJ in December 2012). The list open to public access closes the year with 43,448 validated and published names, with 5,133 images associated to the vouchers.

The Moure Catalog of Bees was updated in June 2012, and increased the number of names published from 14.074 to 14.700.

Regarding new developments: (i) new tools have been added to the data cleaning report and now indicate data incompleteness and  a "buffer" of 1km was added when verifying geographic coordinates with the municipality polygon, (ii) the architecture of network was modified in order to improve the availability, reliability, performance and balance of the whole network, and (iii) a new search interface was developed with outputs such as maps, graphics, inventories, mechanisms to download data, and a tool that allows users to post their comments about a specific record and send it to the curator. With this we hope to enable users to participate in the process of correcting possible errors or identifying material.

A new system Lacunas (Gaps) was launched (http://lacunas.inct.florabrasil.net), another product of INCT Virtual Herbarium of Flora and Fungi, which aims to facilitate the identification of taxonomic and geographic data and knowledge gaps by experts.

Another system has been launched and is still being tested - INCT Biogeography Flora of Brazil – that is being funded by the Ministry of Science and Technology as part of the SisBiota Project . This system aims to expand the knowledge on the biogeography of each species of Brazil´s Flora using occurrence data available in the Virtual Herbarium of Brazil, the active participation of specialists, and the techniques of ecological niche modeling. The public interface is available at http://biogeo.inct.florabrasil.net.

This is a brief summary of the results of 2012 in terms of online data and applications. We would like to thank all those of you who are part of this network for all your collaboration and hard work.

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EN ESPANOL

A rede speciesLink fecha o ano com um total de 5.725.729 registros on-line, sendo 2.119.954 georreferenciados na origem (37%) e 2.039.684 georreferenciados por aplicativo (36%). A rede teve um crescimento de 17% no ano, o que equivale a um acréscimo de cerca de 836 mil novos registros. O repatriamento de dados do exterior cresceu 21% e reflete o apoio do programa Reflora ao INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos. Além da atualização dos dados dos parceiros já existentes, um novo acervo foi repatriado. Trata-se do acervo de amostras de plantas coletadas no Brasil do Field Museum of Natural History e inclui várias amostras coletadas por naturalistas no século 19. O número de coleções e subcoleções cresceu de 235 em 2011 para 293 em 2012.

Outro componente importante da rede são as imagens das amostras de herbário que passaram a integrar o INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos em 2011, também graças aos recursos do projeto Reflora. Fechamos o ano de 2011 com 9 herbários do país e 2 do exterior compartilhando mais de 72 mil imagens. Esses números em dezembro de 2012 são: 17 herbários do país e 2 do exterior, que estão compartilhando cerca de 205 mil imagens.

Em relação à Lista de Espécies da Flora do Brasil, sistema desenvolvido e mantido pelo CRIA desde o seu início em 2009 sob a coordenação do JBRJ, fechamos o ano de 2012 com o registro de 49.223 nomes aceitosalém de 50.603 sinônimos da flora brasileira na interface administrativa (fechada por determinação do JBRJ em dezembro de 2012). A lista de acesso público fecha o ano com 43.448 nomes validados e publicados na interface pública da lista com 5.133 imagens associadas aos vouchers citados.

O catálogo Moure de Abelhas foi atualizado em Junho de 2012, passando de 14,074 para 14,700 nomes publicados.

Em relação a ferramentas e aplicativos: (i) novas ferramentas foram integradas ao data cleaning, como a indicação da incompletude dos dados e a aplicação de um “buffer” de 1km na verificação da coordenada com o polígono do município; (ii) a arquitetura da rede foi modificada buscando melhorar a disponibilidade, confiabilidade, desempenho e balanceamento de carga de todo o sistema da rede; e, (iii) uma nova interface de busca foi desenvolvida que além de mapas, gráficos, inventários e download dos dados, permite ao usuário enviar seu comentário sobre um registro específico ao curador. Com isso esperamos que os usuários participem do processo de correção de possíveis erros ou de identificação de material.

Foi também lançado o sistema Lacunas (http://lacunas.inct.florabrasil.net), mais um produto do INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, que tem por objetivo facilitar a identificação de lacunas de informação taxonômica e de distribuição geográfica sobre a flora do Brasil por especialistas.

Encontra-se em fase de teste o sistema INCT Biogeografia da Flora do Brasil com apoio do MCTI dentro do Sistema Nacional de Pesquisa em Biodiversidade (SisBiota), que tem por objetivo expandir o conhecimento sobre a biogeografia de cada espécie da Flora do Brasil através de dados de ocorrência disponíveis em herbários, da participação ativa de especialistas, e do uso de técnicas de modelagem de nicho ecológico. A interface pública está disponível no endereço http://biogeo.inct.florabrasil.net.

Esse é um breve resumo dos resultados de 2012 em termos de dados e aplicativos on-line. Gostaríamos de aproveitar o momento para agradecer o empenho de todos que estão colaborando no desenvolvimento desta infraestrutura pública de dados sobre biodiversidade.

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